Untuk memenuhi kebutuhan
sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK
yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 BPPT mendirikan SMU
Insan Cendekia di Serpong dan di Gorontalo melalui program penyetaraan
IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi
sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.Pada tahun pelajaran
pertama (1996/1997), penerimaan siswa SMU Insan Cendekia
diprioritaskan bagi siswa-siswi SMU/MA kelas satu dan siswa-siswi lulusan
SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah islam
lainnya. Akan tetapi, mulai tahun pelajaran kedua (1997/1998) SMU Insan
Cendekia memberi kesempatan pula kepada siswa-siswi SLTP umum dan MTs baik
negeri maupun swasta.Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia baik
yang berada di Serpong maupun di Gorontalo dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT
kepada Departemen Agama RI. Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan
IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya Departemen Agama dan
BPPT terus melakukan kerjasama. Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia
ditransformasikan menjadi MadrasahAliyah Insan Cendekia dengan tanpa
mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah
berjalan selama ini.Pada tahun 2001, dengan SK Menteri Agama RI, Nomor 490
Tahun 2001 MA Insan Cendekia Serpong berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN)
Insan Cendekia Serpong.
Pada tahun 2013, MAN
Cendekia Jambi resmi berubah nama menjadi MAN Insan Cendekia Jambi. Dan pada
tahun pelajaran 2013/2014 mulai melakukan seleski penerimaan peserta didik baru
bersama dengan MAN Insan Cendekia Serpong dan MAN Insan Cendekia Gorontalo.
(sumber : www.ic.sch.id)